Хоць Уганда ляжыць у экватара, клімат тут мякчэе значнай вышынёй над узроўнем мора і уплывам вялікіх азёр. Сярэднія тэмпературы самога цёплага месяца - студзеня - ляжаць у межах ад +17 З да +24 C, а сярэднія тэмпературы самога халоднага месяца - ліпеня - ад 16 З да 21 C, але на вялікай вышыні тэмпература можа апускацца ніжэй 0 C. Самыя высокія вяршыні пастаянна маюць ледзяныя шапкі. На ўсёй тэрыторыі Уганды назіраецца два дажджлівых перыяду - красавік-май і верасень-кастрычнік, гадавая колькасць ападкаў - 1000-1200 мм., На ўзбярэжжы возера Вікторыя - 1500-1600 мм. На поўначы вільготны сезон - з красавіка да кастрычніка.