Въпреки, че Уганда се намира на екватора, климатът е смекчено от значителна височина над морското равнище и влиянието на големите езера. Средните температури за най-топлият месец - януари - са в диапазона от 17 С до 24 C, а средната температура на най-студения месец - юли - от 16 С до 21 С, но най-голяма надморска височина температурата може да падне под 0 С. Най-високите върхове са постоянно ледени шапки. През Уганда, има два дъждовни сезони - април-май и септември-октомври, на годишните валежи. - 1000-1200 мм, на брега на езерото Виктория - 1500-1600 мм. В северната част на дъждовния сезон - от април до октомври.