Bár Uganda fekszik az egyenlítőhöz, az éghajlat megpuhult a jelentős tengerszint feletti magasság és a befolyása a nagy tavak. Átlaghőmérséklet a legmelegebb hónap - Január - van tartományban 17 C és +24 C, míg az átlagos hőmérséklet a leghidegebb hónap - július - a 16 C és 21 C, de a nagy magasságban a hőmérséklet alá csökken 0 C. A legmagasabb csúcsok állandó jégsapkák. Egész Uganda, két esős évszak - április-május és szeptember-október, az éves csapadék - 1000-1200 mm., A tó partján Victoria - 1500-1600 mm. Északon az esős évszak - áprilistól októberig.