Selv om Uganda ligger på ekvator, er klimaet myknet av en betydelig høyde over havet og innflytelsen av store innsjøer. Gjennomsnittlig temperatur for de varmeste måneden - januar - er i området fra 17 C til 24 C, mens den gjennomsnittlige temperaturen på den kaldeste måneden - Juli - fra 16 C til 21 C, men ved høy høyde temperaturen kan falle under 0 C. De høyeste toppene er permanent is-caps. Gjennom Uganda, er det to regntider - april-mai og september-oktober, årsnedbøren -. 1000-1200 mm, På bredden av Lake Victoria - 1500-1600 mm. I nord den våte sesongen - fra april til oktober.