Vaikka Uganda sijaitsee päiväntasaajalla, ilmasto on pehmennetty huomattavasti korkeus merenpinnasta ja vaikuttaa suurten järvien. Keskilämpötilat ja lämpimin kuukausi - tammikuu - ovat vaihtelevat +17 C +24 C, kun taas keskimääräinen lämpötila kylmin kuukausi - Heinäkuu - mistä +16 C +21 C, mutta korkealla lämpötila voi laskea alle 0 C. Korkeimmat huiput ovat pysyvästi jään-Caps. Koko Uganda on kaksi sateista vuodenaikaa - huhti-toukokuussa ja syys-lokakuussa, vuosittainen sademäärä - 1000-1200 mm., Rannalla Lake Victoria - 1500-1600 mm. Pohjoisessa sadekauden - huhtikuusta lokakuuhun.