Ačkoli Uganda leží na rovníku, je klima změkčeno značné nadmořské výšce a vlivu velkých jezer. Průměrné teploty na nejteplejší měsíc - leden - jsou v rozmezí od 17 C do +24 C, zatímco průměrná teplota v nejchladnější měsíc - červenec - od 16 C do 21 C, ale ve vysokých nadmořských výškách může teplota klesnout pod 0 C. Nejvyšší vrcholy jsou trvale led na pólech. Skrz Uganda, tam jsou dvě období dešťů - duben-květen a září-říjen, roční úhrn srážek -. 1000-1200 mm, na břehu Viktoriina jezera - 1500-1600 mm. Na severu období dešťů - od dubna do října.