Хоча Уганда лежить у екватора, клімат тут пом'якшується значною висотою над рівнем моря і впливом великих озер. Середні температури самого теплого місяця - січня - лежать в межах від +17 С до +24 C, а середні температури самого холодного місяця - липня - від +16 С до +21 C, але на великій висоті температура може опускатися нижче 0 C. Найвищі вершини постійно мають крижані шапки. На всій території Уганди спостерігається два дощових періоду - квітень-травень і вересень-жовтень, річна кількість опадів - 1000-1200 мм., На узбережжі озера Вікторія - 1500-1600 мм. На півночі вологий сезон - з квітня до жовтня.